Uyuşmazlık, kavram olarak, iki hukuk süjesi arasında, bir hakkın, borcun, ödevin, bir hukuki durumun varlığı ve kime ait olduğu konusunda çıkan anlaşmazlıktır. Vergi uyuşmazlıklarını hukuk bağlamında tanımlayacak olursak; Vergi Hukukunun uygulanması sonucu, devletle vergi mükellefi arasında çıkan uyuşmazlıklar olduklarını söyleyebiliriz.
Vergi Hukuku, devletle vergi mükellefi arasında var olan alacak-borç ilişkisini düzenleyen hukuk dalıdır. Bu alacak-borç ilişkisi, bu hukukun normları tarafından yönetilir. Vergi, mükellefi için, borç; Devlet içinse, alacaktır. Ancak; bu borç ya da alacak Özel Hukuktan farklı olarak; iki taraf arasındaki sözleşmeden veya vergi mükellefinin haksız fiilinden ya da Devlet aleyhine sebepsiz zenginleşilmesinden kaynaklanmaz.
Vergi alacağı ve dayanağını devletin egemenlik hakkında bulur. Yine, Özel Hukuktan farklı olarak, verginin, devletle mükellef arasında kurduğu alacak borç ilişkisinde, ilişkinin tarafları eşit değildir. Devlet, mükellefe nazaran üstün hak ve yetkilere (kamu gücü kullanma yetkisine) sahiptir. Devlet, gerektiğinde, bu gücünü kullanarak, gönül rızası ile ödenmeyen vergiyi, zorla tahsil yoluna gidebilir.
Bu yüzden; vergi ilişkisi, eşit konumda olan hukuk süjeleri (özneleri) arasındaki ilişkileri düzenleyen Özel Hukuk (Borçlar Hukuku) kurallarına tabi değildir. Vergiyi doğuran olay ve hukuki durumların birer özel hukuk işlemleri olmalarına karşın, bu böyledir. Söz konusu ilişkinin, devlet tarafından kamu gücü kullanılarak oluşturulan diğer ilişkilerde olduğu gibi, devletin üstün hak ve yetkileri ile bu hak ve yetkiler karşısında güçsüz durumda bulunan vergi mükellefinin çıkarlarını dengeleyen özel kuralları vardır. Bu kuralların bütününe, Vergi Hukuku denilmektedir.
Vergi uyuşmazlığı adını vermiş olduğumuz, uyuşmazlık, ister dar anlamda, isterse geniş anlamda alınsın, gerçekte bir tür idari uyuşmazlıktır. Bir uyuşmazlığı idari yönetsel olarak niteleyen; İdare Hukukunun kurallarına göre kamu gücü kullanarak faaliyet gösteren idari makamların, kamu hizmetinin yürütümü sırasındaki işlem ve eylemlerinden veya idari nitelikteki sözleşmeden kaynaklanıyor olmasıdır. Vergiyi tarh, tahakkuk ve tahsil eden; bu işlemlerle ilgili diğer işlemleri yapan vergi daireleri, gümrük idareleri, il özel idareleri ve belediyeler, gerçekte, Türk İdare Teşkilatı Şemasının merkezi veya yerel idarelere dâhil, birer idari makamdır.
İdari uyuşmazlıklar da, tıpkı iki eşit kişi arasındaki uyuşmazlıklarda olduğu gibi; ya uyuşmazlığa taraf olanlar arasında bir taraf, diğer tarafın haklılığını kabul ederek veya orta yol bulunarak çözülür ya da olay mahkemeye intikal eder; yargıç tarafından uyuşmazlığa çözüm getirilir.
Bir türlü yasalaşmayan ve bu yüzden kadük olan İdari Usul Yasası Tasarısında getirilmek istenilen arabuluculuk müessesesinin de, bunlar arasında olduğunu söyleyebiliriz.Dahası, Kanun koyucunun, türlü adlar altında, zaman zaman, yürürlüğe koyduğu af yasalarını da, kimi yönleri bakımından, idari çözüm yolu olarak görebiliriz.